En 2071, l'équipage du vaisseau spatial le Bebop voyage dans le système solaire en essayant d'appréhender des primes. Dans l'argot de cette ère, ces chasseurs de primes sont appelés "Cowboys". La plupart des épisodes tournent autour d'une prime ; cependant, le centre de l'histoire concerne le passé de chaque personnage et d'anciens évènements plus généraux, qui se connectent au fur et à mesure que la série progresse.
La première histoire est celle de Spike Spiegel, un ancien membre d'une organisation criminelle, les Dragons Rouges, qui est hanté par un triangle amoureux passé avec son ancien coéquipier aux Dragons Rouges, Vicious, et une mystérieuse femme nommée Julia.
La seconde histoire tourne autour de Faye Valentine, une joueuse endettée et amnésique réveillée d'un sommeil cryogénique, dont le passé est un mystère.
Les autres personnages ont aussi un passé à explorer : Jet Black, un ancien officier de l'agence de police interplanétaire ISSP et propriétaire du vaisseau (le Bebop), Edward, une jeune hacker surdouée et hyperactive, et Ein, un "chien data" échappé d'un laboratoire, possédant une intelligence supérieure mais se comportant la plupart du temps comme un chien normal.
liste des personnages :
Doué au tir et aux arts martiaux, il forme une équipe de chasseurs de primes avec Jet Black. C'est un homme secret, qui n'aime pas parler de lui, ce qui convient tout à fait à Jet. Comme les autres protagonistes, son passé sera progressivement découvert au fil de l'histoire.C'est un ancien membre de l'organisation Red Dragons (une organisation descendante des triades chinoise). Il se fit passer pour mort pour être avec Julia, sa femme, mais son plan tourna mal et Spike se retrouva finalement Cow-boy (chasseur de prime) avec l'ancien policier Jet Black, il perdra également Julia de vue. Il partira à la recherche de sa bien aimée, mais pour la retrouver il devra faire face à Vicious, ancien ami devenu son principal ennemi.Durant ses aventures, il devra cohabiter malgré lui avec la vénale Faye Valentine, la jeune hacker surexcitée Ed, et le chien savant Ein en plus de son vieux camarade Jet.
À 18 ans, Faye est gravement blessée lors de l'accident de la gate spatiale (auquel il est fait référence à plusieurs reprises dans l'histoire) mais est préservée cryogéniquement. Elle se réveille 54 ans plus tard, en parfait état de santé mais totalement amnésique, et surtout, lourdement endettée du fait des soins. Après avoir pris la fuite, elle parcourt l'espace à bord de son Redtail, escroquant ceux qu'elle croise pour éponger ses dettes et perdant presqu'immédiatement son argent aux courses.Sa rencontre avec Spike est fortuite, puisqu'elle le confond avec un contact dans un casino. Elle rejoindra ensuite le Bebop et son équipage malgré cette première rencontre tumultueuse.
C'est un ancien policier au sein de l'ISSP (Inter Solar System Police) qui a décidé de retourner à la vie civile après avoir perdu un bras au cours d'une intervention. Il décide alors de devenir chasseur de primes et rafistole un vieux vaisseau, le Bebop (en hommage à ce style du musique qu'il affectionne), puis rencontre Spike Spiegel qui va devenir son premier compagnon de route. Il reste toutefois en contact avec ses anciens collègues, qui lui filent pas mal de tuyaux au sujet des criminels dont la tête est mise à prix. Il possède également un petit vaisseau utilitaire, le Hammerhead et ne se sépare jamais de son Walther P99.En général, Jet est plutôt calme et posé (qualités nécessaires à sa passion pour les bonsaï) mais passe aussi beaucoup de temps à râler après ses « associés ».
Edward Wong Hau Pepelu Tivrusky IV
Originaire de la Terre, Edward Wong Hau Pepelu Tivrusky IV, appelée la plupart du temps "Ed", est une jeune hacker quelque peu androgyne qui dit avoir 13 ans. Ed peut être considérée comme étant un "esprit libre"; elle aime s'exclamer sans raison et les rimes enfantines. Elle est souvent distraite et elle est la première source d'humour physique de la série. Elle ne marche que très rarement mais préfère courir, ramper, sauter, rouler, marcher sur les mains et ne supporte pas d'avoir quelque chose à ses pieds. Elle parle souvent d'elle même à la troisième personne. On ne sait pas grand chose de ses origines excepté le fait qu'elle a grandit dans un orphelinat après y avoir été abandonnée par son père, un homme nommé Appledelhi Siniz Hesap Lütfen (il appelle Ed "Françoise" et il semblerait que les deux soient d'origine turque, le nom du père signifiant "excusez moi, contrôle s'il vous plaît" en Turc). Dans le manga, on apprend qu'elle était amie avec une jeune garçon assez timide connu sous le nom de "Tomato" (ce qui s'avère être le nom gribouillé en katakana sur le devant de son ordinateur) qui, comme Ed, s'y connaissait grandement en ordinateur et c'est sans doute lui qui a permis à Ed de devenir la hacker de génie qu'elle est. Ed a des liens assez forts avec Jet, qui agit comme un père de substitution, et avec Faye, que Ed considère comme une sorte de grande sur. Ed semble aussi la seule à être capable de comprendre Ein.
Vicious, comme son nom l'indique, est impitoyable, sanguinaire, adroit et ambitieux, capable de faire n'importe quoi pour le pouvoir. Il est membre de l'organisation criminelle les Dragons Rouges à Tharsis et il est souvent comparé à un serpent venimeux. Selon la série et différents guides, il n'a pas toujours été le monstre qu'il est mais c'est la trahison de Spike, son ami, et de Julia, sa bien aimée, qui l'a changé. Son arme préférée n'est pas une arme à feu mais un katana qu'il utilise habilement, même contre des armes à feu. Il était fusilier durant la Guerre de Titan et portait à l'époque un pistolet automatique (session 5) ainsi que lorsqu'il faisait équipe avec Spike (session 26). Vicious est parfois vu en compagnie d'un oiseau sur l'épaule, utilisé comme distraction et comme arme, étant en réalité une sorte de robot remplit d'explosifs.
Julia
Julia est une très belle et mystérieuse femme commune au passé de Spike et de Vicious. Le triangle amoureux entre eux entraîna le départ de Spike des Dragons Rouges au lieu de se battre contre Vicious. Spike voulait l'emmener avec lui lorsqu'il quitta l'organisation mais Vicious lui fit du chantage et la poussa à tuer Spike. En effet, Vicious compris qu'ils avaient l'intention de s'enfuir ensemble et dit à Julia de tuer Spike ou ils seraient tués tous les deux. Pour se protéger mais surtout pour protéger l'homme qu'elle aimait, elle s'enfuit et ne rejoignit pas Spike au cimetiere, point de rendez-vous qu'ils s'étaient fixé (Spike lui même n'était pas au courant de ces raisons jusqu'à la fin de la série). Julia n'apparaît qu'en flashback jusqu'aux deux épisodes finals.