Ghost : terme qui désigne la partie humaine du corps qui renferme l’identité d’un individu, inventé afin d’éviter la confusion avec l’âme qui est antérieur à l’ère cybernétique.

2029, les réseaux de l’information sont partout et les progrès de la cybernétique omniprésents. Parmi la population, peu nombreux sont encore les humains vierges de tout support électro-mécanique, soit pour améliorer des performances psychiques ou physiologiques dans le but d’une spécialisation, soit pour remplacer un membre ou un organe défectueux. Il n’est d’ailleurs plus rare, dans certains secteurs de pointe, de travailler avec un cyborg, autrement dit un individu muni d’un corps artificiel et doté d’une conscience, d’un ghost d’origine humaine.

Mais cette société futuriste est loin d’être idyllique. Derrière le paravent virtuel, une terrible guerre d’influence fait rage dans laquelle espionnage, manipulation et contrôle de l’information sont les principaux atouts. Les alliances, entre gouvernements et multinationales, variant au rythme des avancés technologiques, la section 9, le Bureau des Affaires Internes des services secrets japonais, est chargée de couvrir la section 6 qui encadre les pourparlers entre le ministère des affaires étrangères et le gouvernement américain. En effet, un mystérieux terroriste informatique, répondant au nom de Puppet Master, fait son apparition sur l’échiquier politico-industriel et tente de saboter la réunion en piratant le ghost des participants cybernétiquement modifiés. Alors que les agents de la section 9, lancés sur les traces du pirate marionnettiste, commencent à comprendre qu’ils ont été lamentablement manipulés, le Puppet Master, , également connue sous le nom de code « Projet 2501 », emprunte le corps d’un cyborg dans l’entrepôt de l’usine de fabrication de MegaTech et demande asile au Bureau des Affaires Internes en tant qu’entité pensante et vivante, issue de l’océan de l’information. Le major Kusanagi, le cyborg de l’équipe de la section 9, est bien entendu immédiatement fascinée par ce concept de ghost entièrement cybernétique et entend bien plonger dans celui du Puppet Master pour avoir une discussion de ghost à ghost. Malheureusement, Puppet Master est kidnappé.