« Noir, ce mot désigne depuis une époque lointaine le nom du Destin. Les deux vierges règnent sur la mort. Les mains noires protègent la paix des nouveaux nés ». C’est par cette formule pour le moins énigmatique que commence chaque épisode de la série. Fort belle citation me direz-vous, mais difficile d’en déterminer le sens !

Mireille Bouquet, tueuse française renommée, reçoit un mail pour le moins mystérieux d’une lycéenne japonaise amnésique, Kirika Yumura, laquelle l’invite selon son expression à « un pèlerinage dans le passé ». Intriguée, Mireille se rend alors au Japon pour y rencontrer ladite jeune fille. Leur premier contact est interrompu par l’attaque d’une organisation, inconnue de l’une comme de l’autre. Il s'ensuit immédiatement une prestation spectaculaire des deux jeunes filles, bien que leurs rapports ne soient pas des plus chaleureux. Ayant visiblement un passé en commun, elles décident de s’allier, du moins temporairement, dans le but de le recouvrer pour Kirika, et de l’éclaircir pour Mireille.

De retour à Paris, elles effectuent leurs premières missions, qui se déroulent sans encombre, sous le nom de code « Noir » lequel est, elles l’apprendront par la suite, un nom attribué aux meilleurs duos d'assassins depuis plusieurs siècles. Rapidement, elles découvrent qu’elles sont la cible d’une organisation secrète appelée "Soldats" et, par son biais, font la rencontre de Chloé qui prétend être la véritable Noir...

Kirika Yuumura :
Petite fille condamnée à grandir trop vite, elle ne connaît d'elle que ce faux nom et son lien avec NOIR. Avec Mireille, elles forment un duo très efficace connu sous le nom de NOIR. Cette association n'aurait pas lieu d'être si toutes deux n'étaient pas si liées par leur passé respectif. Passé qui leur échappe complètement. Qui est donc cette organisation secrète nommée Soldats qui ne cesse de la harceler ? Pourquoi n'éprouve-t-elle aucun remord à tuer ? Son caractère s'avère particulièrement difficile à cerner, de par son impassibilité face à toute chose, mais on sent en elle un grand manque d'amour et d'identité propre, amnésie oblige.

Mireille Bouquet :
Assassin émérite, elle a choisi d'enfouir en elle son passé douloureux. Elle prendra le nom de code NOIR avec Kirika, mais des doutes apparaîtront avec Chloé quant à la légitimité du titre Noir. Qui est la vraie Noir ? Elle tue donc pour gagner sa vie, tel un éternel cycle sans fin. Dotée d'un grand sens de la justice, elle ne tue que des personnes malfaisantes sur lesquelles elle enquête toujours avant d'accepter un contrat. C'est évidemment une grande tueuse dont les capacités meurtrières ne ternissent jamais sa grande classe. On ne sait que très peu de choses de son passé, si ce n'est qu'elle semble elle aussi très liée à la montre que possède Kirika. Écouter la mélodie qui en sort est pour elle très pénible d'ailleurs, tant les souvenirs que cela remue la bouleversent.

Chloé :
Qui est donc cette talentueuse tueuse qui agit pour le compte de l'organisation Soldats ? Pourquoi voue-t-elle un si grand respect pour Altena, personnage phare de Soldats ? Derrière ce regard hargneux et dédaigneux et ces cheveux violets se cache un être imperceptible, une machine à tuer qui semble avoir suivi la voie qui était autrefois celle de Kirika. Elle excelle dans l'art du maniement des armes blanches et s'avère être une tueuse de haut rang, très froide.

Altena :
Une femme à l'apparence inoffensive et angélique, mais qui cache un personnage diabolique. Altena fait partie de l'organisation Soldats, mais tente en fait d'en prendre le contrôle en redonnant vie aux "True Noir", un couple de tueuses mis au point par cette organisation durant le Moyen Age, dans le but de contrôler l'Europe. Elle est responsable de ce qui arrive à Kirika mais se terre dans un château européen défendu par un village acquit à sa cause.