Shinji Ikari: Pilote de l'Eva-01. Sa mère est morte alors qu'il était enfant et il n'a pas revu son père, Gendô Ikari, depuis 10 ans quand il est appelé à la NERV en tant que Third Children (troisième élu). Il a 14 ans. Introverti et peu enclin au contact avec les autres.

Rei Ayanami: Pilote de l'EVA-00 et First Children (première élue). Elle a 14 ans. Jeune fille énigmatique, son passé reste flou (tous les documents ont été effacés). Taciturne et peu expressive, elle a une relation privilégié avec le commandant Ikari.

Asuka Sōryū Langley: Pilote de l'EVA-02 et Second Children (deuxième élue). A passé son enfance en Allemagne. Elle a 14 ans. Jeune fille surdouée et orgueilleuse, elle s'est entraînée à être la meilleure pilote d'EVA depuis la disparition de sa mère.

Kaworu Nagisa : Fith Children (Cinquième élu), il arrive à l'épisode 24 en remplacement d'Asuka, rendue incapable de piloter l'EVA-02. Comme pour Rei, son passé est inconnu, et les fichiers le concernant ont été effacés, et comme elle il a les yeux rouges. Contrairement aux autres personnages, il est calme, confiant, et va au devant des autres. Il est aussi le 17è ange s'appelant " Tabris ", repésentant le "libre arbitre".

Misato Katsuragi: Chef des opérations au sein de la NERV. Lieutenant puis Major. Elle supervise toutes les opérations liées aux EVAs et aux Anges. Elle est également responsable des pilotes d'EVAs. Présente au Pôle Sud lors du Second Impact, elle en est la seule survivante. Amie de Ritsuko et ex-petite amie de Ryôji. Tout au long de la série, elle héberge deux des élus : Shinji Ikari et Asuka Soryu Langley, et possède un pingouin d'eaux chaudes domestique nommé Pen-Pen (Pen²).

Ritsuko Akagi: Scientifique et responsable du Projet E. Elle supervise le programme de développement des EVAs et du super ordinateur MAGI. Fille de Naoko Akagi. Réservée. Amie de Misato et de Ryôji.

Gendō Ikari: Commandant de la NERV et responsable du projet Plan de Complémentarité de l'Homme. Il dirige les recherches sur les Anges. Personnage mystérieux, ses motivations le sont également. Il se montre froid vis-à-vis de Shinji, est plus attentionné pour Rei.

Kōzō Fuyutsuki: Commandant en second de la NERV et homme de confiance de Gendô.Ancien professeur d'université, où il fit connaissance de Yui, alors son élève, et de Gendô.

Ryōji Kaji: Agent double. Travaille à la fois pour la NERV et les services de renseignements du ministère de l'intérieur japonais. Responsable du transfert d'Asuka, de l'EVA-02 mais aussi d'Adam depuis l'allemagne jusqu'au Japon.

Maya Ibuki: Opératrice au centre de commandement tactique de la NERV.

Shigeru Aoba: Opérateur au centre de commandement tactique de la NERV.

Makoto Hyuga: Chef opérateur au centre de commandement tactique de la NERV.

Kensuke Aida: Camarade de classe de Shinji. Fasciné par les EVAs, il rêve de devenir pilote.

Tōji Suzuhara: Camarade de classe de Shinji et Fourth Children. Impulsif, il accuse Shinji d'avoir sévèrement blessé sa sœur lors du premier combat de l'EVA-01. Il est gravement blessé dans son Eva dès la première utilisation, massacré par l'Eva-01 de Shinji alors contrôlée par le Dummy Plug et qui est en "mode Berserk", tandis que l'Eva-04(celle de Tôji)est parasitée par un Ange.

Hikari Horaki: Camarade de classe de Shinji et déléguée de la classe.

Yui Ikari: Mère de Shinji. Elève brillante, elle a participé à la création des EVAs. Elle meurt lors de l'expérimentation de l'un d'entre eux.

Naoko Akagi: Mère de Ritsuko. Elle est la créatrice du super ordinateur MAGI qui gère la NERV. Ne supportant plus les manipulations venant de Gendô, elle se donne la mort.

Keel Lorentz: Personnage central de l'organisation secrète SEELE.

Pen Pen: Pingouin d'eau chaude. Résultat d'une expérience scientifique dirigée par le père de Misato. Est le fidèle compagnon de cette dernière. Sa chambre est un réfrigérateur et il adore les bains chauds